爱德华三世最终决定处决罗杰·莫蒂默并没收其所有财产的原因主要有以下几点：
政变与弑君：罗杰·莫蒂默参与了对爱德华二世的政变，并被怀疑涉及其死亡。英国简史（1）——从七国时代到都铎王朝提到爱德华三世很快聚集起实力惩罚杀死他父亲的人。
摄政与专权：莫蒂默在爱德华三世未成年期间担任摄政，但实际上掌握了实权，并且有滥用权力的行为。BLADESTORM（百年战争）详细资料及攻略，追加人物介绍火花天龙剑中提到1330年爱德华三世亲政后立刻下令处死莫蒂默并没收其财产。
贵族不满与反抗：莫蒂默与一些贵族结盟反对爱德华二世，但在失败后，这些贵族对莫蒂默的不满可能也影响了爱德华三世的决定。罗杰·莫蒂默_百度百科提到莫蒂默与反对国王的贵族们结盟。
恢复王权：爱德华三世亲政后，为了巩固自己的权力和地位，需要消除任何对他统治构成威胁的因素，而莫蒂默正是这样一个威胁。爱德华三世如何从马奇伯爵罗杰莫蒂默手中夺回实权？_国王 - 搜狐中提到莫蒂默在伦敦附近的埃尔姆斯被绞死。
综上所述，爱德华三世处决罗杰·莫蒂默并没收其财产，是基于恢复和巩固王权、消除政变和弑君的威胁、回应贵族的不满以及确保自身统治安全的需要。