日本在历史教科书中对南京大屠杀和慰安妇问题的处理方式存在争议。根据搜索结果，以下是一些关键点：
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南京大屠杀：
- 日本教科书大都承认南京大屠杀的客观事实，但在描述时采用多种手段模糊历史细节和真相。例如，一些教科书将日军“杀害了众多俘虏和居民”的表述修改为“波及俘虏和居民，出现了众多死伤者”澎湃新闻。
- 在大屠杀性质、受害者人数、日本士兵暴行等关键问题上，教科书往往以“存在各种各样的说法”、“仍在研究，没有确定”等方式处理人民网。
- 有报道指出，日本教科书将南京大屠杀淡化为“南京事件”，忽略了成千上万中国平民遭到日军残忍屠杀的惨状网易。
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慰安妇问题：
- 日本教科书在处理慰安妇问题上也存在争议。一些教科书缩减了相关内容，并对事件的记述方式作了“暧昧化”处理观察者网。
- 有报道指出，日本教科书中对慰安妇的描述往往回避日本军方的直接参与和责任美国之音。
综上所述，日本在历史教科书中对南京大屠杀和慰安妇问题的处理方式存在淡化和模糊化的现象，这引起了国际社会的广泛关注和批评。