在使用多个工具坐标系的情况下，确保坐标系文件号不混乱并保持轨迹正确，你可以采用以下几个方法：

1. 统一命名规则：为每个坐标系制定一套清晰的命名规则。例如，可以根据工具的功能、安装位置或使用序号来命名，如Tool1_Base, Tool2_End等。这样可以减少混淆，便于识别和调用。

2. 使用坐标系管理软件：使用专业的坐标系管理软件可以帮助你跟踪和管理多个坐标系。这类软件通常提供图形界面，可以直观地显示当前激活的坐标系，并允许用户快速切换和校验坐标系设置。

3. 编写校验脚本：在作业开始前，编写脚本自动检查所有坐标系设置是否正确。这个脚本应该验证坐标系的编号、位置和朝向是否与预设值匹配。这可以在作业前及时发现并修正错误。

4. 定期培训和复审：对操作人员进行定期的培训，确保他们了解所有坐标系的设置和使用方法。同时，可以定期复审坐标系的使用情况，确保没有误用或错置的情况发生。

5. 建立错误反馈机制：在作业过程中建立实时错误反馈机制，一旦坐标系出现问题立即报警并暂停作业。这可以最大限度地减少错误使用坐标系导致的损失。

通过这些措施，你可以有效地管理多个工具坐标系，确保作业过程中轨迹精确无误。这对于提高生产效率和保障设备安全都是非常关键的。