齐格蒙特三世与扬·扎莫厄斯基之间的冲突对波兰的宗教和政治政策产生了深远的影响。齐格蒙特三世致力于加强王权，并推行天主教会的反宗教改革，而扎莫厄斯基则维护宗教宽容政策，反对天主教会与耶稣会权力增长[1]。这场冲突导致了波兰政治和宗教政策的几个关键变化：
宗教政策：齐格蒙特三世推行的反宗教改革在联邦中上层获得胜利，导致大量波兰与立陶宛贵族改宗天主教[2]。耶稣会也替农民争取到一些权益[2]。然而，扎莫厄斯基反对这种权力增长，并警告联邦会被牵进与瑞典之间爆发的毫无意义的王室战争[3]。
政治政策：齐格蒙特三世即位后迅速与哈布斯堡王朝结盟，这一行为令大臣们非常不满[1]。他甚至考虑将波兰王位让给哈布斯堡家族，以换取对其瑞典王位宣称权的支持[1]。这表明齐格蒙特三世在政治上采取了较为激进的措施，试图通过外交和政治联盟来巩固自己的权力。
对波兰的影响：齐格蒙特三世因为没有得到瑟姆和波兰贵族的支持而在瑞典王位争夺战中落败，波兰失去了联统瑞典的机会[4]。这场冲突也暴露了波兰贵族与国王之间的权力斗争，影响了波兰的政治稳定。
综上所述，齐格蒙特三世与扬·扎莫厄斯基的冲突不仅影响了波兰的宗教政策，导致天主教势力的增强和宗教宽容政策的削弱，同时也影响了波兰的政治政策，特别是在王权与贵族权力斗争、外交政策方面。这场冲突是波兰历史上一个重要的转折点，对波兰的政治和宗教格局产生了长远的影响。
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