司马光在《资治通鉴》中批评商鞅变法而对李悝变法只字未提的原因可能与以下几个因素有关：
政治立场和个人价值观：司马光作为一位儒家学者，他的政治立场和个人价值观可能影响了他对历史事件的评价。商鞅变法中的严刑峻法和重农抑商政策可能与司马光的儒家理念相悖，因此受到了批评。而李悝变法虽然也涉及法家思想，但可能在某些方面更符合司马光的政治理念，或者其影响和后果没有引起司马光的足够关注。
历史影响和时代背景：商鞅变法对秦国乃至中国历史产生了深远的影响，而李悝变法则相对影响较小。司马光在编纂《资治通鉴》时，可能更注重记录那些对历史进程有重大影响的事件。商鞅变法因其对秦国统一六国和后续法制建设的重要作用而被详细记载和评价，而李悝变法则可能因其影响有限而被忽略。
资料的可获取性和完整性：司马光在编撰《资治通鉴》时，所依赖的资料可能有限。如果关于李悝变法的资料较少或者不够详细，司马光可能无法对其进行充分的评价和讨论。
编纂目的和选择性：《资治通鉴》作为一部编年体通史，其编纂目的在于为统治者提供治国的借鉴。司马光可能根据自己的理解和编纂目的，有选择性地记录和评价历史事件。商鞅变法因其在法制和国家治理方面的示范作用而被特别关注，而李悝变法则可能没有被认为具有同等的重要性。
综上所述，司马光在《资治通鉴》中对商鞅变法的批评和对李悝变法的忽略，可能是由于他的政治立场、历史影响、资料的可获取性以及编纂目的和选择性共同作用的结果。