圣使徒教堂在拜占庭帝国时期成为皇帝和牧首的主要安葬地，原因如下：
供奉耶稣十二门徒：圣使徒教堂供奉耶稣的十二门徒，皇帝有意将所有使徒的圣髑收集在这座教堂内[1]。这使得教堂具有极高的宗教地位和象征意义。
皇帝的安葬地：根据历史记录，君士坦丁大帝去世后，他的儿子君士坦提乌斯二世将他的遗体安葬于圣使徒教堂[1]。这一行为为后续皇帝的葬礼设立了先例。
宗教与政治权力的结合：圣使徒教堂不仅是宗教象征，也是东正教的象征性中心，与皇帝的权威紧密相关[2]。皇帝和牧首的葬礼在此举行，进一步强化了教堂的政治和宗教地位。
圣像崇拜与皇帝荣誉：在破坏圣像时代，不崇拜圣像的皇帝享有很高的荣誉，并安葬在使徒教堂的寝陵内[3]。这表明圣使徒教堂是皇帝荣誉和宗教信仰的体现。
教堂的历史地位：圣使徒教堂一直是仅次于圣索菲亚大教堂的君士坦丁堡第二大教堂[5]，其历史地位和重要性不言而喻。
综上所述，圣使徒教堂因其供奉耶稣十二门徒、皇帝的安葬地、宗教与政治权力的结合、圣像崇拜与皇帝荣誉以及其历史地位，成为拜占庭帝国时期皇帝和牧首的主要安葬地。