诸葛亮南征时，孟获的部将董荼那和阿会喃背叛孟获的原因主要是因为诸葛亮的计策和孟获对他们的逼迫。根据搜索结果，诸葛亮在南征过程中多次擒获孟获，其中至少两次是董荼那和阿会喃作为内应帮助诸葛亮擒获孟获[1]。他们之所以背叛，一方面是因为诸葛亮的仁德政策，优待被俘的他们，并劝他们不要再助纣为虐[2]；另一方面，孟获对他们的逼迫和不信任也是导致他们背叛的重要因素[3]。
至于他们的结局，根据搜索结果，董荼那和阿会喃在背叛孟获后，最终被孟获所杀[4]。这是因为孟获在回去后立马将这两位部将杀了，然后与其弟孟优商议以假降的方式对抗诸葛亮[5]。因此，董荼那和阿会喃的结局是悲惨的，他们因为背叛孟获而被孟获处死。