明十三陵只葬有13位明朝皇帝而不是全部16位的原因是，有三位皇帝因为不同的原因没有被葬入明十三陵。具体来说：
明太祖朱元璋：作为明朝的开国皇帝，朱元璋定都于南京，死后也葬于南京紫金山的“孝陵”1。
建文帝朱允炆：朱允炆在位期间，其四叔燕王朱棣发动“靖难之役”夺得皇位。朱允炆的下落不明，有说法认为他自焚而死，也有说法认为他逃出皇宫，不知所终，因此没有陵墓2。
明景帝朱祁钰：朱祁钰是明英宗朱祁镇的弟弟，在朱祁镇被瓦剌俘虏期间即位。朱祁镇复辟后，朱祁钰被废为郕王，死后按王的礼仪葬于北京西山，没有进入明十三陵3。
以上信息综合了多个来源，包括搜狐、岳阳网、北京日报等，提供了关于明十三陵与明朝皇帝陵寝情况的详细解释。