约翰二世被称为科穆宁王朝最伟大的皇帝的原因主要有以下几点：
军事成就：约翰二世在军事上取得了显著成就，他消灭了佩切涅格人并为此设立了“佩切涅格节”。此外，他还成功收复了安纳托利亚西部地区，进一步恢复了拜占庭在东方的影响力[1]。
政治智慧：约翰二世被认为是科穆宁王朝最勤劳的马上皇帝，他与西方的神圣罗马帝国缔结了同盟，并在巴尔干击败了佩切涅格人，展现了其政治和外交上的智慧[2]。
内政管理：约翰二世在内政上也有所作为，例如在首都建立了一个可以接纳80位修士的修院，显示了他对宗教和文化的支持[3]。
家族统治：科穆宁王朝在他的领导下，通过铲除异己力量，将权力集中到皇室家族和与之有亲密关系的家族手中，巩固了皇权[4]。
个人品质：约翰二世的官方名称是Kaloidannes，意为“好人约翰”，这个绰号描述了他的活动和个人品质，历史学家认为他是科穆宁王朝中一个具有积极形象的皇帝[5]。
综上所述，约翰二世因其军事成就、政治智慧、内政管理、家族统治以及个人品质，被后世誉为科穆宁王朝最伟大的皇帝之一。