曹操墓中女性遗骨身份难以确定的原因主要包括以下几点：
考古工作的疏忽：由于田野工作的疏忽，现在已难以确定墓中出土的三具遗体是同时下葬还是分次下葬1。
历史文献的缺失：曹操生前遗嘱要求“墓葬里不得有皇后或者嫔妃相伴”，这使得确定墓中女性身份变得复杂2。
身份争议：对于墓室内两位女性的身份，存在不同的观点和争议。有专家认为老年女性应为与曹操同穴合葬的卞王后，也有专家认为是卞王后之前的正夫人——丁夫人3。
技术限制：古DNA研究在推断墓主身份方面存在限制，人体骨骼的6个部位可作年龄鉴定，但DNA分析难以直接推断墓主身份是否为曹操4。
曹操的防盗措施：曹操为了防止自己的墓被盗，采取了多种措施，包括出殡时使用72具棺木，使得确定墓址变得困难5。
墓葬破坏严重：曹操墓遭人为严重破坏，可能是死后“仇家”报复，导致墓葬中遗骨的鉴定和身份确认工作变得复杂6。
以上原因综合导致了曹操墓中女性遗骨身份难以确定的情况。