狄奥多尔与曼努埃尔瓜分塞萨洛尼基帝国的过程如下：
- 狄奥多尔·科穆宁·杜卡斯在1230年被曼努埃尔·科穆宁推翻，并被俘虏。来源
- 1237年，保加利亚沙皇伊凡·阿森二世娶狄奥多尔的女儿伊琳娜为妻，因此他释放了狄奥多尔。狄奥多尔秘密地回到了塞萨洛尼基，发动政变推翻了曼努埃尔。来源
- 狄奥多尔和曼努埃尔达成协议，塞萨洛尼基帝国被瓜分，狄奥多尔保留塞萨洛尼基和周边地区，而曼努埃尔则控制其他地区。来源
综上所述，狄奥多尔与曼努埃尔通过政变和协议的方式瓜分了塞萨洛尼基帝国，狄奥多尔控制了塞萨洛尼基及其周边地区，而曼努埃尔则控制了帝国的其他部分。