崖门海战中南宋全军覆没的原因主要有以下几点：
战术上的失误：南宋军队在战术上存在明显失误，如使用铁索连船，这限制了船只的机动性，使得宋军在面对元军灵活机动的战术时处于劣势。澎湃新闻提到宋军战船虽然庞大，但蒙古水军利用机动优势，采用迂回和火攻战术，取得重大胜利。
资源和供给问题：宋军的饮水和樵采之路被切断，导致军民士卒纷纷患病，战力大减。澎湃新闻指出这一问题对宋军的战斗力产生了严重影响。
孤立无援：南宋朝廷孤悬崖山，外无援兵来救，内部突围无望，实际上已经进入绝境。搜狐提到这一点。
战略选择错误：有观点认为宋军没有选择在雷州与蒙古军队作战，导致战败。知乎上的讨论指出这一点。
元军的强大：元军在襄樊之战大破宋军后，直逼南宋，其军队的战斗力和战术运用均优于宋军。古井侨网提到元军的强大。
南宋的内部问题：南宋朝廷内部可能存在的分歧和指挥不当也对战斗结果产生了影响。搜狐提到丞相陆秀夫在战败后背着幼帝赵昺投海自尽，显示了南宋朝廷内部的绝望和混乱。
综上所述，南宋在崖门海战中全军覆没是多方面因素共同作用的结果，包括战术失误、资源供给问题、孤立无援、战略选择错误以及元军的强大等。