参考资料

梅迪纳-西多尼亚公爵在指挥西班牙无敌舰队时面临了以下挑战：

1. 英国海军的战术优势：英国海军采用了先进的战术和武器，如火船的使用，有效地击散了西班牙舰队的阵型。来源

2. 补给不足和疫病问题：梅迪纳-西多尼亚公爵考虑到补给不足和手下士兵受疫病困扰，向国王进谏，述说对整个行动的疑虑。来源

3. 战略目标的冲突：无敌舰队中的一些指挥官求战心切，要求攻击英军舰队，但梅迪纳-西多尼亚公爵以完成国王的命令优先，争取早日安然抵达尼德兰，因而放弃了主动攻击的机会。来源

4. 舰队的协调问题：在战斗中，只有西多尼亚的旗舰和另外4艘战舰保持了比较协调的队形，其他舰船被打得乱了阵势，无敌舰队的战斗队形被无可挽回地打破了。来源

5. 远射程大炮的不足：无敌舰队的舰载大炮在质和量两方面都得到加强和提高，但是远射程大炮不足仍然是无敌舰队的最大弱点。来源

这些挑战最终导致了西班牙无敌舰队在与英国海军的对抗中遭遇失败。