东帝汶冲突期间的死亡人数统计主要依赖于国际组织和委员会的调查和报告。根据联合国东帝汶接纳、真相与和解委员会（CAVR）2005年的报告，与冲突有关的死亡人数估计最少为102,800人（±12,000）[1]。此外，CAVR统计显示，在印尼占领期间，约有98,000—202,600名东帝汶人因饥馑或暴力而死，其中17,600—19,600人横死或失踪[2]。国际特赦组织估计，从1975年到1999年，东帝汶人口的三分之一，即总共200,000人死于军事行动、饥饿和疾病[3]。这些统计数据提供了东帝汶冲突期间死亡人数的估计值，但由于历史记录的不完整性和复杂性，准确的数字很难确定。
[1] 维基百科，自由的百科全书：东帝汶大屠杀 [2] 维基百科，自由的百科全书：印度尼西亚占领东帝汶 [3] 凤凰网：莲花行动——印度尼西亚侵占东帝汶