马士英与阮大铖的关系对南明朝廷的政治局势产生了深远的影响。根据搜索结果，以下是一些关键点：
政治斗争与权力争夺：马士英和阮大铖被认为是南明政权迅速瓦解的源头之一。他们之间的合作导致了东林党人的排斥和阉党势力的崛起，这加剧了朝廷内部的党争和内斗12。
政策制定困难：由于马士英和阮大铖之间的联盟，政府的注意力被转移，导致对更重要问题的忽视，如对抗外敌。这使得好人被赶出朝廷，增加了制定针对那些被怀疑对李自成抵抗不力或甚至予以帮助的人的明确政策的困难3。
排斥异己和贤能之人：马士英与阮大铖在国难当头时趁机卖官鬻爵，发国难财，同时排斥异己和贤能之人，导致朝廷内部的腐败和无能4。
加剧朝廷的不稳定：马士英和阮大铖的权势斗争导致了南明朝廷的不稳定，使得朝廷无法齐心协力对抗外敌，种下了弘光朝败亡的原因5。
影响继统之争：南明爆发了严重的继统之争，多次内斗的结果是其根本无法团结力量一致对外，这与马士英和阮大铖的政治操作不无关系6。
综上所述，马士英与阮大铖的关系深刻影响了南明朝廷的政治局势，他们的政治斗争和权力争夺不仅加剧了朝廷内部的分裂，也削弱了南明对抗外敌的能力，最终导致了南明政权的快速崩溃。