在《名侦探皮卡丘》中，并没有特定的公司在实验室中做实验并最终逃脱的情节。游戏主要讲述了主角蒂姆和他的宝可梦皮卡丘一起寻找蒂姆失踪的父亲的故事。他们通过与宝可梦沟通的特殊能力，揭开了各种谜团。游戏的重要剧情包括：
- 寻找父亲：蒂姆和皮卡丘的主要目标是找到蒂姆失踪的父亲。
- 与宝可梦沟通：蒂姆和皮卡丘能够理解宝可梦的语言，这帮助他们解决案件。
- 解决案件：游戏中包含多个案件，需要玩家通过调查和与宝可梦对话来解决。
- 揭示阴谋：随着游戏的进行，蒂姆和皮卡丘揭露了一个更大的阴谋。
以上信息参考自神奇宝贝百科和九游的相关报道。