在阿拉贡十字军中，法军在Col de Panissars战役中遭遇惨败的原因可能包括以下几点：
地理因素：根据搜索结果，阿拉贡军在帕尼萨斯隘口追击法军成功，这表明法军可能在地理上处于不利地位，未能有效利用地形进行防守。
战术失误：法军可能在战术上存在失误，未能有效应对阿拉贡军的追击，导致在战役中遭遇失败。
士气和领导力问题：法军可能存在士气低落和领导力不足的问题，这在历史上的许多战役中都是导致失败的关键因素。
疾病和非战斗减员：搜索结果提到腓力三世因痢疾医治无效，在法国佩皮尼昂去世，这可能反映了当时法军中存在的健康问题，影响了军队的战斗力。
战略目标不明确：法军可能没有明确的战略目标或者未能有效执行战略计划，导致在战役中遭遇失败。
以上分析基于搜索结果，具体的历史细节可能需要进一步的历史研究和考证。
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