尼科波利斯军区的首府不是尼科波利斯而是纳夫帕克托斯的原因，根据搜索结果中维基百科的资料，自九世纪晚期起，纳夫帕克托斯便成为了拜占庭帝国尼科波利斯军区的首府。其所辖教区亦被包含在内。这表明纳夫帕克托斯在历史上曾是该军区的行政中心，而尼科波利斯可能并非其首府。因此，纳夫帕克托斯作为尼科波利斯军区的首府，是因其在历史上的重要地位和作用。
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