根据搜索结果，特别是来自维基百科的信息，西班牙在1578年与汶萊的冲突中最终选择撤离的原因主要是由于当地爆发了霍乱与痢疾，导致西班牙人损失惨重。在疫情好转的72天后，西班牙人决定放弃汶萊并于1578年6月26日返回驻地马尼拉。这场疾病大流行严重影响了西班牙军队的战斗力，迫使他们不得不安排撤离行动。因此，可以得出结论，西班牙最终选择撤离是因为疾病导致的人员损失以及维持军事行动的困难。来源：维基百科
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