根据搜索结果，波吉亚家族的后代主要居住在厄瓜多尔和智利。维基百科中提到，目前家族仅存的男性直系后裔都是由第二代甘迪亚公爵乔瓦尼·波吉亚的后代所衍生的，很大一部分家族成员目前居住在厄瓜多尔或智利，其中最著名的成员为前厄瓜多尔总统罗德里戈·波吉亚[1]。因此，可以得出结论，波吉亚家族的后代如今主要居住在这两个国家。
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