南云忠一在中途岛海战中决定更换舰载机的武器搭载的原因主要有以下几点：
情报判断失误：南云忠一在战斗中没有接到侦察机发现美军航空母舰部队的情报，因此他下令将原挂载对舰武装的轰炸机改挂对地武装，准备第二次攻击中途岛[1]。由于没有及时发现美军航母的存在，南云忠一认为首要任务是摧毁中途岛上的航空力量。
战术选择：在战斗打响时，南云舰队只能在两项任务中二选一，即继续攻击中途岛基地或准备迎接随时可能出现的美国海军特混舰队[3]。南云忠一如果要确保拿下中途岛，就不能保证歼灭美军航母。
战场形势变化：南云忠一在接到中途岛美军有准备的反击后，决定终止对中途岛的第二轮轰炸，并下达了更换武器的命令[6]。由于战场形势的快速变化，南云忠一需要快速调整战术以应对美军的反击。
指挥失误：南云忠一在选择继续进攻中途岛基地和准备迎接随时可能出现的美国海军特混舰队时出现了指挥失误[5]。这种指挥失误导致了武器搭载的频繁更换，延误了出击时间，给美军的空袭造成了机会。
综上所述，南云忠一更换舰载机武器搭载的决策是由情报判断失误、战术选择、战场形势变化和指挥失误共同作用的结果。这一决策最终导致了出击时间的延误，并给美军的空袭造成了机会，对中途岛海战的结果产生了重要影响。