18世纪的启蒙运动对基督教教会的思想体系提出了重大挑战，主要体现在以下几个方面：
理性与科学的推崇：启蒙运动强调理性和科学的重要性，认为它们是认识世界和解决问题的关键，这与基督教会传统上依赖启示和教条的权威相对立。如维基百科所述，启蒙运动使科学的成果感染到社会的各个层面[1]。
宗教批判：启蒙运动中的许多思想家对基督教进行了批判，不仅质疑宗教信仰本身，还针对教会的各个层面提出批评。例如，华东师范大学学报提到启蒙运动对基督教的批判最早在18世纪60年代开始[2]。
个人自由与宗教宽容：启蒙运动倡导个人自由和宗教宽容，反对君主专制和教会的固定教条。这与基督教会历史上的权威主义和教条主义形成鲜明对比[9]。
世俗化进程：启蒙运动开启了世俗化的进程，许多受过教育的欧洲人开始质疑基督教教义，导致教会的影响力下降。如搜狐文章所述，启蒙运动使科学的成果浸润到社会的各个层面[7]。
对教会权威的挑战：启蒙运动认为教会不应拥有过多的权力，主张限制教会在社会和政治生活中的作用。这直接挑战了基督教会在中世纪和文艺复兴时期所享有的权威地位[12]。
综上所述，18世纪的启蒙运动通过推崇理性和科学、批判宗教、倡导个人自由和宗教宽容、推动世俗化进程以及挑战教会权威，对基督教教会的思想体系构成了深刻的挑战。这些挑战不仅影响了当时的社会和文化，也对现代西方社会的宗教观念产生了长远的影响。
[1] https://zh.wikipedia.org/zh-cn/18%E4%B8%96%E7%B4%80 [2] https://xbzs.ecnu.edu.cn/CN/html/2017-3-35.htm [7] https://www.sohu.com/a/294903450_308511 [9] https://www.rwpedia.com/104.html [12] https://www.worldhistory.org/trans/zh/1-22613/