新店线作为台铁最早停运的支线，其停运的主要原因是运营问题。根据维基百科的信息，新店线因运营问题在1965年3月20日停驶[1]。具体来说，北新公路于1950年代中后期完工，并开行台湾省公路局客运路线后，新店线的载客量逐年下滑，亏损也日渐严重，最终导致停运[2]。因此，可以得出结论，新店线的停运主要是由于公路运输的竞争导致铁路客运量减少和财务亏损，使得运营难以为继。
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