1990年，民主德国（东德）各州加入联邦德国（西德），德国再次统一，也可视作东德并入西德。德国统一后曾定都原西德的首都波恩，1999年迁都原东德首都柏林。
综合各种因素，西德政府将首都设在波恩主要是考虑安全因素，冷战时期西德可是地处美苏争霸的最前沿，搞不好三战就在德国率先打响，所以必须要找个安全的地方定 ...
1991年6月20日，联邦法院发出《德国首都决议》，裁决联邦政府总部从波恩迁到柏林。然而，直至1999年后仍有六个联邦部门留在波恩，并在柏林设立第二个办公室。
科隆选侯国的首都从科隆迁至波恩的原因可以追溯到1288年的瓦林根之战（Battle of Worringen）。在这场战斗中，科隆市民团体与科隆总主教之间发生了冲突，结果科隆市民取得了胜利并使科隆成为自由城市。因此，科隆总主教被迫离开科隆，并将选侯国首都迁移到了波恩。这一事件标志着科隆选侯国首都的迁移，并使得波恩成为了新的政治中心。直至18世纪中叶，波恩一直作为科隆选侯国的首都[1]。
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