在Cubic-S系统中，双通道安全输入不能用于单通道安全输入的场景主要是由于以下几个原因：

1. 安全等级要求不同： 双通道安全输入通常用于需要更高安全等级（如SIL3、PLe等）的应用场合。这是因为双通道结构提供了冗余，能够在其中一条通道失效或出现故障时，另一条通道仍能够正常工作，从而确保系统的安全性。而单通道安全输入则因为没有冗余存在，其安全等级较低，只适用于安全要求较低的场景。

2. 系统设计的复杂性和成本： 双通道安全输入系统的设计较为复杂，涉及两个独立的传感器和处理单元，因此会增加系统的复杂性以及成本。而单通道安全输入设计相对简洁，成本更低，因此在不需要高安全等级的场景中更为合适。

3. 故障检测和处理能力不同： 双通道安全输入系统能够更好地进行故障检测和处理，尤其能够有效识别和处理单个通道的故障，保证系统整体的安全性。而单通道输入系统如果出现故障，往往会导致整个系统的安全性大大降低。

4. 维护和管理要求不同： 双通道系统由于其冗余设计，通常需要较高的维护和管理要求，以确保两个通道的同步和正确运行。而单通道系统相对简单，维护和管理的要求较低。

总结来说，双通道安全输入系统由于其高安全性、复杂性和高成本，设计上不适用于单通道安全输入的场景，这些场景主要需要在成本和复杂性上进行优化，而不是追求高安全等级。