斐迪南二世在位期间处理贵族纷争和边界冲突的方法主要包括以下几点：
与贵族和城镇官员合作：根据搜索结果中的“为什么说西班牙的形成，引领了欧洲王权复兴、称霸世界｜文史宴”1，斐迪南二世和他的妻子伊莎贝拉在卡斯蒂利亚继承战中学会了在行使王权的同时与贵族和城镇官员合作。他们意识到这些群体的重要性，并与他们建立了合作关系。
强化中央集权：斐迪南二世通过强化中央集权来减少贵族间的纷争。如“崭新的历史阶段_中世纪的终结（美国国家地理全球史）最新章节-QQ”2中提到，斐迪南二世的孙子，阿方索十世的长子斐迪南·德·拉塞尔达成功地安抚了反抗君主的贵族们的情绪，这表明斐迪南家族在处理贵族问题上有一定的手腕。
外交政策和军事行动：在处理边界冲突方面，斐迪南二世通过外交政策和军事行动来维护国家利益。如“大国崛起之西班牙--与葡萄牙一起开启海洋时代 - 网易”3中提到，斐迪南作为阿拉贡国王与法国和威尼斯竞争，争夺意大利，使这些冲突成为其外交政策的重点。
与其他国家的联盟：斐迪南二世也通过与其他国家和地区的联盟来加强自己的地位和影响力，如与卡斯蒂利亚和阿拉贡的联盟，这在“神圣罗马帝国- 维基百科，自由的百科全书”4中有提及。
综上所述，斐迪南二世在位期间通过与贵族合作、强化中央集权、积极的外交政策和军事行动以及与其他国家的联盟等手段来处理贵族纷争和边界冲突。