在肯尼迪遇刺案中，联邦调查局（FBI）和沃伦委员会在子弹数量和射击目标上的分歧主要源于对案件的不同解释和证据分析。根据搜索结果，以下是一些关键点：
官方立场：沃伦委员会在其官方报告中指出，刺杀肯尼迪的凶手是李·哈维·奥斯瓦尔德，他从德克萨斯州教科书仓库大楼射击，共发射了三颗子弹，其中一颗子弹先后击中了肯尼迪总统和州长康纳利，这一理论被称为“一颗子弹理论”（凤凰网）。
FBI的角色：FBI作为调查机构之一，其调查结果和结论可能会受到政治和其它因素的影响，这可能导致其与沃伦委员会的结论存在差异。
证据和分析：案件中的物理证据、目击者证词和法医分析都对案件的解释至关重要。不同的分析方法和对证据的不同解读可能导致不同的结论。
阴谋论：肯尼迪遇刺案存在许多阴谋论，这些理论提出了不同的射击者和子弹路径，这进一步增加了对案件的分歧和争议（新华网）。
历史文件解密：美国总统特朗普曾下令公开与肯尼迪遇刺案相关的保密档案，这些文件的解密可能为案件提供了新的视角和信息，但同时也可能增加了对案件的不同解释（BBC）。
综上所述，联邦调查局和沃伦委员会在子弹数量和射击目标上的分歧可能是由于不同的证据分析、调查方法和政治因素所导致的。这些分歧至今仍然是肯尼迪遇刺案中一个备受争议的话题。