在胡锦涛时期，中国经济面临的深层次问题主要包括：
经济增长的资源环境代价过大：经济增长模式较为粗放，对资源和环境的消耗较大，导致资源环境代价过高中国人大网。
经济发展方式粗放、经济结构不合理：存在单纯追求增长速度、以牺牲资源环境为代价换取经济增长的问题，需要转变经济发展方式，提高发展质量和效益新浪军事。
国际金融危机影响：国际金融危机导致世界经济增长格局发生重大变化，对中国经济产生影响，需要应对国际金融危机带来的挑战中央党史和文献研究院。
区域发展不平衡：社会主义新农村建设和区域发展存在不平衡问题，需要进一步推进区域协调发展中国人大网。
社会建设和民生改善问题：需要深刻汲取欧洲国家的经验教训，避免超越本国经济实力的福利开支长期刚性增长造成的问题人民网。
这些问题反映了中国经济在胡锦涛时期面临的挑战和需要解决的深层次矛盾。