在中途岛海战中，日军航母“飞龙号”遭受重创的过程如下：
美军突袭：1942年6月4日，美军对日军航母舰队发起突袭，导致日军3艘主力航母在不到半小时内丧失战斗力[1]。此时，日军仅剩“飞龙号”航母幸存，由第二航空战队司令山口多闻指挥[2]。
飞龙号反击：“飞龙号”出动两波舰载机进行反击，两次均重伤了美军“约克城”号航母[3]。
美军决定性打击：来自“企业”号的两个SBD中队对“飞龙号”发动了决定性打击，其中4颗1000磅炸弹在航母前部飞行甲板相继命中[4]。
飞龙号沉没：在遭到美军飞机的攻击后，“飞龙号”严重受损，最终由日军驱逐舰“卷云”号以两颗鱼雷送入海底[5]。山口多闻拒绝离舰，与“飞龙号”一同沉没[6]。
综上所述，日军航母“飞龙号”在美军的反击中遭受重创，并最终沉没。这场战役是太平洋战争的重要转折点，美军以少胜多取得了胜利[7]。