黑短脚鹎短盘吸虫主要在中国大陆的云南地区发现。它是一种寄生于黑短脚鹎胆道的寄生虫，主要分布在云南省。然而，目前的资料显示，这种吸虫的其他分布地区并没有明确报道，云南被认为是其主要的模式产地。
黑短脚鹎作为其宿主，分布较广，除了云南，还在中国南部、印度、缅甸和中南半岛等地区都有发现。中国境内的黑短脚鹎有多个亚种，分布于华南、东南、广西南部、海南和台湾等地 。然而，关于黑短脚鹎短盘吸虫在这些区域的分布信息还需要进一步的研究。
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