超级用户（root）密码是指系统管理员账户的密码，这个账户在大多数系统中拥有最高权限，可以进行系统配置、安装软件、管理用户账户等操作。在一般情况下，超级用户密码是由系统管理员设置的，并且应当妥善保管以防止未经授权的访问。

需要输入两个不同的密码才能进入超级用户模式（如通过 su 或 sudo 命令）主要出于以下几个原因：

1. 安全性：增加系统安全性，确保只有经过双重验证的用户才能获得超级用户权限。最初的密码验证确保当前用户身份，而第二个密码（即超级用户密码）则确认该用户有权利进行高权限操作。

2. 操作流程：当使用 sudo 时，系统首先验证用户的身份和权限，在成功后才允许该用户执行需要超级用户权限的命令。这个过程避免了频繁切换到root账户，从而减少可能的误操作风险。

3. 责任追踪：通过sudo，每个执行高权限操作的命令会被记录下来，可以追溯到具体的用户。这样可以提高系统操作的可追溯性和责任明确性。

综上所述，输入两个不同的密码是为了在提高系统安全性和操作流程管理的同时，确保每个高权限操作都是经过适当验证和记录的。