元朝两次远征日本失败的原因主要有以下几点：

1. 自然因素：台风（被称为“神风”）是导致元朝舰队损失惨重的直接原因之一。特别是在1281年的第二次远征中，一场突如其来的台风摧毁了元军的船只，导致大量士兵溺亡或失踪。搜狐。

2. 内部分歧：元军内部由不同民族组成，包括蒙古人、高丽人和南宋汉人，缺乏团结和统一指挥，导致战斗力下降。百家号-百度。

3. 战术和装备：日本武士的装备优良，从小接受严格训练，使得蒙古人难以攻入内城。超贷网。

4. 战略失误：元军对日本的地理和气候条件缺乏了解，导致战略部署上的失误。澎湃新闻。

这些失败对日本历史产生了深远的影响：

1. 加强了日本的民族认同和团结：元日战争是日本历史上唯一有准备的对外防御战争，增强了日本民族的凝聚力和爱国心。澎湃新闻。

2. 影响了日本的军事和政治结构：战争使得日本武士阶层的地位得到加强，对日本的军事和政治结构产生了影响。汉斯出版社。

3. 促进了日本与大陆国家的外交关系：战后，日本开始更加重视与大陆国家的外交关系，以防止外来侵略。历史研究所。

综上所述，元朝两次远征日本的失败是由多种因素造成的，这些失败对日本历史产生了重要影响，加强了日本的民族认同，影响了其军事和政治结构，并促进了日本与其他国家的外交关系。