2011年南苏丹独立公投中，98.83%的选民支持独立的原因主要包括以下几点：
历史背景和长期冲突：苏丹自1956年独立后便内战不断，尤其是1983年爆发的第二次苏丹内战持续了21年，造成约200万人死亡12。长期的冲突和苦难使得南苏丹人民渴望结束战争，追求和平与独立。
宗教和文化差异：苏丹南部主要信仰基督教和传统宗教，而北部主要为伊斯兰教，双方在宗教和文化上存在较大差异，这也是导致南北苏丹分歧的一个因素3。
资源分配不均：苏丹的石油资源主要分布在南部，但收益大多被北部控制的中央政府所掌握，南部地区资源分配不均，经济发展落后4。
《内罗毕协议》的推动：2005年签署的《内罗毕协议》结束了长达20多年的内战，并规定了南部苏丹可以通过公投决定是否从苏丹分离5。
国际社会的支持：国际社会普遍支持南苏丹的自决权，认为这是实现该地区和平与稳定的重要步骤6。
这些因素综合起来，导致了南苏丹独立公投中绝大多数选民选择支持独立，以期建立一个能够更好地代表他们利益和需求的新国家。