于阗王国最终被喀喇汗国征服并伊斯兰化的过程是一段复杂的历史。根据搜索结果，以下是关键点：
宗教战争：10世纪中叶，喀喇汗国接受伊斯兰教，并在1006年征服了信仰佛教的于阗王国[1]。这场征服伴随着长达40余年的宗教战争[7]。
军事征服：喀喇汗国的军队在于阗军队多处设防的情况下，逐一击破于阗的防线，最终迫使于阗王投降[3]。
政治与宗教变革：于阗投降后，全国改信伊斯兰教，结束了佛教在这个地区长达数百年的历史[7]。
文化与社会影响：喀喇汗国的征服不仅改变了于阗的宗教信仰，也对当地的文化和社会结构产生了深远影响[2]。
高昌回鹘的角色：在喀喇汗国与于阗王国的战争中，高昌回鹘支持于阗，因此与喀喇汗国的关系恶化[7]。
伊斯兰教的传播：喀喇汗国的征服行动也伴随着伊斯兰教的向东传播，最终使伊斯兰教成为当地的主要宗教[1]。
反抗与起义：于阗被征服后，喀什噶尔爆发了佛教徒反抗的起义战争，并和于阗取得了联系[5]。
这段历史显示了宗教、文化和政治力量在中亚地区的激烈碰撞和转变。喀喇汗国的征服和伊斯兰化政策深刻地改变了于阗王国及其居民的命运。
[1] 新疆的突厥化和伊斯兰化- 维基百科
[2] 第七章于阗佛教、伊斯兰教的入疆通道 - 丝绸之路多媒体系列资源库
[3] 西域于阗国被喀喇汗国所灭和回教化的疑团
[4] 西域小唐朝的灭亡：于阗佛教王国的最后盛世和毁灭 - 搜狐
[5] 西域小唐朝的灭亡：于阗佛教王国的最后盛世和毁灭 - 澎湃新闻
[6] 佛国的覆灭，新疆是如何伊斯兰化的？ - 知事- 新浪
[7] 新疆的若干历史问题 - 驻土耳其大使馆